Con una lettera dell’ufficio speciale per la Ricostruzione, il sindaco Franco Capponi ha ricevuto l’ufficialità dell’importo di oltre 7 milioni di euro per i lavori della struttura gravemente danneggiata e resa inagibile dal terremoto del 2016 e che, oltre ad avere una grande rilevanza da un punto di vista storico, rappresenta un punto di riferimento fondamentale per la comunità treiese. «Per noi si tratta di un intervento importantissimo che riguarda un territorio intero visto che il santuario francescano è frequentato da tanti fedeli anche di altri Comuni. Le funzioni religiose del convento nel 2017 sono state trasferite in una nuova struttura temporanea in legno – ha spiegato il primo cittadino – È stato un piccolo miracolo realizzato in tre mesi, quando si era ancora in piena emergenza. Oggi, sappiamo che i lavori di ricostruzione sono stati finanziati e ci restituiranno il Convento del SS. Crocifisso nella sua originaria bellezza mentre aspettiamo il finanziamento e l’approvazione del Progetto esecutivo della bellissima Chiesa. Se il tutto si concludesse entro fine anno rappresenterebbero davvero uno dei più bei regali che avremmo potuto desiderare per questo Natale».
Saranno effettuati interventi di restauro e risanamento conservativo con miglioramento sismico. L’intero complesso è costituito dal convento dei frati francescani e dalle sale dei servizi e per le attività religiose e sociali di cui il convento è ricchissimo. Il complesso ha subìto danni di entità gravissima a seguito del Sisma del 24 agosto 2016 ed è stato dichiarato totalmente inagibile.
L’impianto originario del convento, a pianta quadrata e su due livelli, sorge nel 1697 su un primitivo nucleo di alcune camere poste a fianco del santuario. L’aspetto odierno è tuttavia frutto di una successiva sopraelevazione risalente al 1924 e alcuni ampliamenti. L’intero fabbricato sorge sulle rovine dell’antico insediamento pre-romano di Trea (nome romano dell’antica Città)  e a testimonianza dell’antichità dell’impianto originario risulta tuttora visibile la pianta di un anfiteatro nell’area adiacente al santuario, oltre ai frammenti ritrovati di epoca romana, alcuni dei quali inseriti nei muri del convento, a due pavimentazioni musive e a due preziose statue egizie, Iside e Serapide, rinvenute nel Settecento nel corso degli scavi successivi alla demolizione del campanile cinquecentesco e che ad oggi trovano posto sulla parete di quello attuale. La Chiesa, quando la Pieve, sorta nel III o IV sec. trasformando un tempio pagano dedicato agli egizi, perse la nomina di Collegiata passò nel 1519 ai religiosi di San Girolamo con il nome di chiesa del “Santissimo Crocifisso” e i lasciti di benestanti famiglie del luogo ne permisero la conservazione e l’arricchimento dei caratteri architettonici. L’attuale convento è opera dei Frati Minori, succeduti ai frati Girolamini. L’edificio, nel suo aspetto attuale, è il risultato di numerosi lavori di costruzione e ampliamento fatti sul primitivo nucleo, non più leggibile. All’insediamento dei francescani avvenuto nel 1673 il fabbricato originario del convento, risalente al XV sec circa, era molto più piccolo di quello attuale, infatti includeva solo alcune stanze verso levante, a fianco della chiesa, ma le esigenze della vita religiosa richiedevano la costruzione di altri ambienti. Si decise quindi la realizzazione di un nuovo convento e sotto il coordinamento di Frate Leone da Montedinove, esperto ingegnere, si diede inizio ai lavori. I frati costruirono prima del 1697 l’ala ovest, nel 1737 venne realizzata l’ala est e nel 1742 il corpo di fabbrica a nord della chiesa e nel 1743 un locale per la scuola. Nel sec. XVIII fu realizzato a più riprese un ciclo pittorico di affreschi dedicati alla vita di S. Francesco che decorano il chiostro e negli anni successivi alla fine dei lavori (1743) verrà sistemato in questo primo stralcio finanziato il convento, anch’esso come la Chiesa a rischio crollo,  ed eseguiti anche importanti lavori di restauro, relativi a travature e tetti fino al 1748. Nel 1751 furono realizzate le mura di cinta, poi le condutture delle acque (1791), le vasche e cisterne (1815) e le scale e pavimentazioni (1853).
Il progetto di recupero prevede anche il restauro degli intonaci antichi, oltre i necessari interventi di miglioramento sismico ed altri lavori aggiunti per il superamento delle barriere architettoniche.